La fin des études doctorales est sanctionnée par une soutenance de thèse. Toutefois, il est noté des réserves sur la fiabilité de leur évaluation. La présente contribution a pour objectif de comparer les pratiques en cours en la matière dans les universités de Lomé au Togo et d’Abomey-Calavi au Bénin, afin de répertorier les insuffisances relatives à l’évaluation des thèses en vue de propositions d’approches de solutions. Le cadre d’étude est constitué par les deux universités précitées. Les docteurs et enseignants de rang magistral constituent la population cible. Un questionnaire et un guide d’entretien sont les instruments de collecte des données. Les principaux résultats révèlent que les pratiques relatives à l’évaluation des thèses de doctorat sont presque les mêmes dans les deux universités et qu’il manque une harmonisation des points de vue liés au processus. Une grille consensuelle d’évaluation des thèses, conçue de manière participative par les professeurs titulaires et les directeurs des écoles doctorales, a été proposée pour corriger les insuffisances relevées en vue d’une évaluation objective et satisfaisante.